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Genómica Comparada
Código: 45796Créditos: 6
| Titulación | Tipo | Curso |
|---|---|---|
| Citogenética y Biología de la Reproducción | OP | 1 |
Profesor/a de contacto
- Nombre :
- Aurora Ruiz-Herrera Moreno
- Correo electrónico :
- aurora.ruizherrera@uab.cat
Equipo docente
- Sònia Casillas Viladerrams
- Covadonga Vara Gonzalez
Idiomas de los grupos
Puede consultar esta información al final del documento.
Prerrequisitos
- Estar en posesión del título de licenciado, graduado o equivalente en Biología, Ciencias Biomédicas, Genética o Biotecnología o en sus equivalentes en los planes de estudios de las diferentes universidades. También podrán acceder licenciados o graduados de titulaciones del ámbito de las Biociencias.
- Acreditar un conocimiento básico de catalán (nivel B1) o castellano (nivel B1) (solo para el alumnado que no tengan el catalán o el castellano como lengua materna).
Objetivos
La Genómica Comparativa proporciona una amplia perspectiva tanto en la evolución de las especies como en el origen de enfermedades humanas mediante el estudio de secuencias genómicas. El contenido del módulo tratará aspectos amplios del área como son la citogenética evolutiva, metodologías de estudio de los genomas, así como los últimos avances en genómica comparativa animal y vegetal. Es un campo muy dinámico y en constante evolución, por lo que la metodología docente incluirá clases magistrales de especialistas que presentarán los últimos avances en el tema así como seminarios por parte del alumnado donde se presentan y discuten artículos científicos.
Resultados de aprendizaje
- CA14 (Diseñar experimentos científicos en el ámbito de la genómica comparada, seleccionando metodologías y herramientas adecuadas para responder a hipótesis de investigación.) Diseñar experimentos científicos en el ámbito de la genómica comparada, seleccionando metodologías y herramientas adecuadas para responder a hipótesis de investigación.
- CA15 (Integrar conocimientos y habilidades dentro del área de la genómica comparada para la elaboración y defensa fundamentada de un trabajo académico propio.) Integrar conocimientos y habilidades dentro del área de la genómica comparada para la elaboración y defensa fundamentada de un trabajo académico propio.
- KA17 (Relacionar las bases celulares y moleculares de la organización del genoma con los procesos evolutivos que determinan su diversidad.) Relacionar las bases celulares y moleculares de la organización del genoma con los procesos evolutivos que determinan su diversidad.
- KA18 (Identificar el origen y las bases celulares y moleculares de las patologías humanas asociadas a anomalías cromosómicas en el contexto de la genómica comparada, considerando su relevancia evolutiva.) Identificar el origen y las bases celulares y moleculares de las patologías humanas asociadas a anomalías cromosómicas en el contexto de la genómica comparada, considerando su relevancia evolutiva.
- KA19 (Interpretar los cambios cromosómicos descritos en la literatura científica relacionados con procesos evolutivos implicados en la especiación en animales.) Interpretar los cambios cromosómicos descritos en la literatura científica relacionados con procesos evolutivos implicados en la especiación en animales.
- KA20 (Explicar el impacto científico, socioeconómico y medioambiental derivado de la investigación en el ámbito de la genómica comparada y la citogenética evolutiva.) Explicar el impacto científico, socioeconómico y medioambiental derivado de la investigación en el ámbito de la genómica comparada y la citogenética evolutiva.
- SA19 (Interpretar los cambios cromosómicos relacionados con procesos evolutivos que han originado el cariotipo humano en el ámbito de la genómica comparada.) Interpretar los cambios cromosómicos relacionados con procesos evolutivos que han originado el cariotipo humano en el ámbito de la genómica comparada.
- SA20 (Aplicar recursos y herramientas de bioinformática en el análisis comparativo e interpretación funcional de datos genómicos.) Aplicar recursos y herramientas de bioinformática en el análisis comparativo e interpretación funcional de datos genómicos.
- SA21 (Demostrar habilidades comunicativas, tanto escritas como orales, mediante la presentación de datos científicos y la elaboración de trabajos de revisión bibliográfica relacionados con la genómica comparada.) Demostrar habilidades comunicativas, tanto escritas como orales, mediante la presentación de datos científicos y la elaboración de trabajos de revisión bibliográfica relacionados con la genómica comparada.
Contenidos
Los contenidos de esta asignatura incluyen conceptos básicos y específicos sobre citogenética evolutiva, avances en el área de la genómica comparativa, modelos de reconstrucción de genomas así como la aplicación de herramientas bioinformáticas en el conocimiento de especies animales y vegetales.
Citogenética evolutiva. Variabilidad cromosómica. Criterios de ordenación cariotípica. Sexo cromosómico. Cariotipo/especie. Modelos de especiación cromosómica.
Metodologías de estudio de genomas. Técnicas de secuenciación masiva. Estudio de las variaciones estructurales del genoma. Bases de datos. Estudio de la conformación de la cromatina (3C, 5C y Hi-C).
Genómica comparativa animal. Estudio "in silico" de genomas completos. Puntos de rotura evolutivos. Grupos sinténicos. Filogenómica. Ratios de evolución cromosómica. Elementos repetitivos y recombinación.Genómica de los primates y otros mamíferos.
Genómica comparativa vegetal. Diversidad cariotípica, estructura del genoma, grupos sinténicos, evolución genómica de las especies vegetales.
Actividades formativas y Metodología
| Título | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
|---|---|---|---|
| Preparación material | 15 | 0,6 | CA14, CA15, KA17, KA19, SA19, SA20, SA21 |
| Clases magistrales | 22 | 0,88 | CA14, CA15, KA17, KA18, KA19, KA20, SA19 |
| Lectura de artículos y material científico | 11,5 | 0,46 | CA15, KA17, KA18, SA19 |
| Búsqueda bibliogràfica | 11 | 0,44 | CA15, KA17, KA18, KA19, SA19 |
| Práctica al aula de informática | 8 | 0,32 | SA20 |
| Preparación presentación pública | 10 | 0,4 | KA20, SA21 |
| Estudio | 68 | 2,72 | CA15, KA17, KA18, KA19, SA19 |
La asignatura se impartirá siguiendo las directrices del Espacio Europeo de Educación Superior (EEES). Esto implica una participación activa de los alumnos en su propio proceso de aprendizaje y se traducirá en una mayor participación del alumnado en clase y una mayor interacción entre ellos y el profesorado.
La genómica comparativa es un campo muy dinámico y en constante evolución, por lo que la metodología docente incluirá clases magistrales de especialistas que presentarán los últimos avances en el tema así como seminarios por parte del alumnado donde se presentan y discuten artículos científicos. A continuación se describe la organización y la metodología docente que se seguirá.
Clases magistrales: El contenido del programa de teoría se impartirá en clases magistrales. Se realizarán con material audiovisual preparado por el profesorado.
Lectura y comentario de artículos y/o textos de interés: Las clases magistrales se complementarán con lecturas de artículos científicos de los temas tratados.
Práctica de aula: Sesión práctica sobre navegadores del genoma humano
Elaboración de trabajos
Estudio autónomo
Evaluación
Actividades de evaluación continuada
| Título | Peso | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
|---|---|---|---|---|
| Pruebas | 35% | 1,5 | 0,06 | CA14, CA15, KA17, KA18, KA19, KA20, SA19 |
| Presentación oral de trabajos | 20% | 1 | 0,04 | KA20, SA21 |
| Asistencia y participación activa | 10% | 0,5 | 0,02 | SA21 |
| Entrega de trabajos | 35% | 1,5 | 0,06 | SA20, SA21 |
Entrega de trabajos: 35%
Defensa oral de trabajos: 20%
Pruebas: 35%
Asistencia y participación activa: 10%
Para esta asignatura, se permite el uso de tecnologías de Inteligencia Artificial (IA) exclusivamente para tareas de apoyo, tales como la búsqueda bibliográfica o de información, la revisión y corrección de textos, o las traducciones necesarias para la elaboración de los materiales de soporte. El estudiante deberá identificar claramente qué partes del trabajo han sido generadas o asistidas por estas tecnologías, especificar las herramientas utilizadas e incluir una reflexión crítica sobre la influencia de dichas herramientas tanto en el proceso de elaboración como en el resultado final de la actividad. La falta de transparencia en el uso de la IA en esta actividad evaluable se considerará una vulneración de la integridad académica y podrá conllevar una penalización parcial o total de la calificación de la actividad, así como sanciones más graves en los casos de mayor gravedad.
La realización de cualquier irregularidad en un acto de evaluación (fraude académico, plagio o uso indebido de la IA, salvo que este uso esté autorizado expresamente a la guía docente), que pueda conducir a una variación significativa de la calificación, supone que este acto se calificará con un 0. En caso de que la guía docente prevea que para superar la asignatura sea requisito imprescindible haber obtenido una nota mínima en este acto de evaluación o que se produzcan varias irregularidades en los actos de evaluación de una misma asignatura, la calificación final de esta asignatura es 0. Al margen de esto, se podrá instruir un proceso disciplinario al estudiante que incurra en alguna de estas irregularidades.
Bibliografía
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
http://www.discoverlife.org/mp/20m?tree=Life&flags=all
http://www.ensembl.org/index.html
http://genome.ucsc.edu/
http://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/projects/mammals-models/mammalian-genome-project
http://timetree.org/index.php
http://genome10k.soe.ucsc.edu/
http://www.mouseencode.org/
https://www.earthbiogenome.org/
Software
Ensembl (https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index)
PopHuman (https://pophuman.uab.cat/)
UCSC (http://genome.ucsc.edu/)
Grupos e idiomas de la asignatura
La información proporcionada es provisional hasta el 30 de noviembre. A partir de esta fecha, podrá consultar el idioma de cada grupo a través de este enlace. Para acceder a la información, será necesario introducir el CÓDIGO de la asignatura