Avís important
La guia docent és provisional.
La versió en PDF de la guia docent pot tardar uns dies en estar disponible al DDD.
Genòmica Comparada
Codi: 45796Crèdits: 6
| Titulació | Tipus | Curs |
|---|---|---|
| Citogenètica i Biologia de la Reproducció | OP | 1 |
Professor/a de contacte
- Nom :
- Aurora Ruiz-Herrera Moreno
- Correu electrònic :
- aurora.ruizherrera@uab.cat
Equip docent
- Sònia Casillas Viladerrams
- Covadonga Vara Gonzalez
Idiomes dels grups
Podeu consultar aquesta informació al final del document.
Prerequisits
- Estar en possessió del títol de llicenciat, graduat o equivalent en Biologia, Ciències Biomèdiques, Genètica o Biotecnologia o en els seus equivalents en els plans d'estudis de les diferents universitats. També podran accedir llicenciats o graduats de titulacions de l'àmbit de les Biociències.
- Acreditar un coneixement bàsic de català (nivell B1) o castellà (nivell B1) (només pel alumnat que no tinguin el català o el castellà com a llengua materna).
Objectius
La Genòmica Comparativa proporciona una àmplia perspectiva tant en l'evolució de les espècies com a l'origen de malalties humanes mitjançant l'estudi de la conservació de seqüències genòmiques. El contingut de l'assignatura tractarà aspectes amplis de l'àrea com són la citogenètica evolutiva, metodologies d'estudi dels genomes, així com els últims avanços en genòmica comparativa animal i vegetal. És un camp molt dinàmic i en constant evolució, per la qual cosa la metodologia docent inclourà classes magistrals d'especialistes que presentaran els últims avanços en el tema així com seminaris per part del alumnat on es presenten i discuteixen articles científics.
Resultats d'aprenentatge
- CA14 (Dissenyar experiments científics en l’àmbit de la genòmica comparada, seleccionant metodologies i eines adequades per respondre a hipòtesis de recerca.) Dissenyar experiments científics en l’àmbit de la genòmica comparada, seleccionant metodologies i eines adequades per respondre a hipòtesis de recerca.
- CA15 (Integrar coneixements i habilitats dins de l’àrea de la genòmica comparada per a l’elaboració i la defensa fonamentada d’un treball acadèmic propi.) Integrar coneixements i habilitats dins de l’àrea de la genòmica comparada per a l’elaboració i la defensa fonamentada d’un treball acadèmic propi.
- KA17 (Relacionar les bases cel·lulars i moleculars de l’organització del genoma amb els processos evolutius que determinen la seva diversitat.) Relacionar les bases cel·lulars i moleculars de l’organització del genoma amb els processos evolutius que determinen la seva diversitat.
- KA18 (Identificar l’origen i les bases cel·lulars i moleculars de les patologies humanes associades a anomalies cromosòmiques en el context de la genòmica comparada, considerant la seva rellevància evolutiva.) Identificar l’origen i les bases cel·lulars i moleculars de les patologies humanes associades a anomalies cromosòmiques en el context de la genòmica comparada, considerant la seva rellevància evolutiva.
- KA19 (Interpretar els canvis cromosòmics descrits en la literatura científica relacionats amb processos evolutius implicats en l’especiació en animals.) Interpretar els canvis cromosòmics descrits en la literatura científica relacionats amb processos evolutius implicats en l’especiació en animals.
- KA20 (Explicar l’impacte científic, socioeconòmic i mediambiental derivat de la recerca en l’àmbit de la genòmica comparada i la citogenètica evolutiva.) Explicar l’impacte científic, socioeconòmic i mediambiental derivat de la recerca en l’àmbit de la genòmica comparada i la citogenètica evolutiva.
- SA19 (Interpretar els canvis cromosòmics relacionats amb processos evolutius que han originat el cariotip humà en l’àmbit de la genòmica comparada.) Interpretar els canvis cromosòmics relacionats amb processos evolutius que han originat el cariotip humà en l’àmbit de la genòmica comparada.
- SA20 (Aplicar recursos i eines de bioinformàtica en l’anàlisi comparativa i la interpretació funcional de dades genòmiques.) Aplicar recursos i eines de bioinformàtica en l’anàlisi comparativa i la interpretació funcional de dades genòmiques.
- SA21 (Demostrar habilitats comunicatives, tant escrites com orals, mitjançant la presentació de dades científiques i l’elaboració de treballs de revisió bibliogràfica relacionats amb la genòmica comparada.) Demostrar habilitats comunicatives, tant escrites com orals, mitjançant la presentació de dades científiques i l’elaboració de treballs de revisió bibliogràfica relacionats amb la genòmica comparada.
Continguts
Els continguts d'aquesta assignatura inclouen conceptes bàsics i específics sobre citogenètica evolutiva, avenços en l'àrea de la genòmica comparativa, models de reconstrucció de genomes així com l'aplicació d'eines bioinformàtiques en el coneixement d'espècies animals i vegetals.
Genòmica evolutiva. Variabilitat cromosòmica. Criteris d'ordenació cariotípica. Sexe cromosòmic. Cariotip / espècie. Models d'especiació cromosòmica.
Metodologies d'estudi de genomes. Tècniques de seqüenciació massiva. Estudi de les variacions estructurals del genoma. Bases de dades. Estudi de la conformació de la cromatina (3C, 5C i Hi-C).
Genòmica comparativa animal. Estudi "in silico" de genomes complets. Punts de trencament evolutius. Grups sinténicos. Filogenòmica. Ràtios d'evolució cromosòmica. Elements repetitius i recombinació. Genòmica dels primats i altres mamífers.
Genòmica comparativa vegetal. Diversitat cariotípica, estructura del genoma, grups sinténicos, evolució genòmica de les espècies vegetals.
Activitats formatives i Metodologia
| Títol | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
|---|---|---|---|
| Preparació material | 15 | 0,6 | CA14, CA15, KA17, KA19, SA19, SA20, SA21 |
| Classes magistrals | 22 | 0,88 | CA14, CA15, KA17, KA18, KA19, KA20, SA19 |
| Lectura d'articles i material científic | 11,5 | 0,46 | CA15, KA17, KA18, SA19 |
| Búsqueda bibliográfica | 11 | 0,44 | CA15, KA17, KA18, KA19, SA19 |
| Pràctica a l'aula d'informàtica | 8 | 0,32 | SA20 |
| Preparació presentació pública | 10 | 0,4 | KA20, SA21 |
| Estudi | 68 | 2,72 | CA15, KA17, KA18, KA19, SA19 |
L'assignatura s'impartirà seguint les directrius de l'Espai Europeu d'Educació Superior (EEES). Això implica una participació activa del alumnat en el seu propi procés d'aprenentatge i es traduirà en una major participació del alumnat a classe i una major interacció entre ells i el professorat.
La genòmica comparativa és un camp molt dinàmic i en constant evolució, per la qual cosa la metodologia docent inclourà classes magistrals d'especialistes que presentaran els últims avanços en el tema així com seminaris per part del alumnat on es presenten i discuteixen articles científics. A continuació es descriu l'organització i la metodologia docent que es seguirà.
• Classes magistrals: El contingut del programa de teoria s'impartirà en classes magistrals. Es realitzaran amb material audiovisual preparat pel professorat.
• Lectura i comentari d'articles i / o textos d'interès: Les classes magistrals es complementaran amb lectures d'articles científics dels temes tractats.
• Pràctica d'aula: Sessió pràctica sobre navegadors del genoma humà i altres espècies
• Elaboració de treballs.
• Estudi autònom.
Avaluació
Activitats d'avaluació continuada
| Títol | Pes | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
|---|---|---|---|---|
| Proves | 35% | 1,5 | 0,06 | CA14, CA15, KA17, KA18, KA19, KA20, SA19 |
| Defensa oral de treballs | 20% | 1 | 0,04 | KA20, SA21 |
| Assistència i participació activa | 10% | 0,5 | 0,02 | SA21 |
| Lliurament de treballs | 35% | 1,5 | 0,06 | SA20, SA21 |
Lliurament de treballs: 35%
Defensa oral de treballs: 20%
Proves: 35%
Assistència i participació activa: 10%
Per a aquesta assignatura, es permet l'ús de tecnologies d'Intel·ligència Artificial (IA) exclusivament en tasques de suport, com la cerca bibliogràfica o d’informació, la correcció de textos o les traduccions en l’elaboració dels materials complementaris. L'estudiant haurà d'identificar clarament quines parts han estat generades amb aquesta tecnologia, especificar les eines emprades i incloure una reflexió crítica sobre com aquestes han influït en el procés i el resultat final de l’activitat. La no transparència de l’ús de la IA en aquesta activitat avaluable es considerarà falta d'honestedat acadèmica i pot comportar una penalització parcial o total en la nota de l'activitat, o sancions majors en casos de gravetat.
La realització de qualsevol irregularitat en un acte d’avaluació (frau acadèmic, plagi o ús indegut de la IA, tret que aquest ús estigui autoritzat expressament a la guia docent), que pugui conduir a una variació significativa de la qualificació, suposa que aquest acte es qualificarà amb un 0. En cas que la guia docent prevegi que per superar l’assignatura sigui requisit imprescindible haver obtingut una nota mínima en aquest acte d’avaluació o que es produeixin diverses irregularitats en els actes d’avaluació d’una mateixa assignatura, la qualificació final d’aquesta assignatura és 0. Al marge d’això, es podrà instruir un procés disciplinari a l’estudiant que incorri en alguna d’aquestes irregularitats.
Bibliografia
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
http://www.discoverlife.org/mp/20m?tree=Life&flags=all
http://www.ensembl.org/index.html
http://genome.ucsc.edu/
http://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/projects/mammals-models/mammalian-genome-project
http://timetree.org/index.php
http://genome10k.soe.ucsc.edu/
http://www.mouseencode.org/
https://www.earthbiogenome.org/
Programari
Ensembl (https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index)
PopHuman (https://pophuman.uab.cat/)
UCSC (http://genome.ucsc.edu/)
Grups i idiomes de l'assignatura
La informació proporcionada és provisional fins al 30 de novembre. A partir d'aquesta data, podreu consultar l'idioma de cada grup a través d'aquest enllaç. Per accedir a la informació, caldrà introduir el CODI de l'assignatura