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Genómica Microbiana

Código: 101949
Créditos: 6
2026/2027
Titulación Tipo Curso
Genètica OP 4

Profesor/a de contacto

Nombre :
Daniel Yero Corona
Correo electrónico :
daniel.yero@uab.cat

Equipo docente

Marc Bravo Bravo

Idiomas de los grupos

Puede consultar esta información al final del documento.

Prerrequisitos

Se recomienda haber cursado asignaturas relacionadas con Microbiologia, Biología Molecular de Procariotas y Bioinformática.

Objetivos

El objetivo principal de esta asignatura es ampliar la visión de la genómica microbiana y de las técnicas moleculares y de bioinformática que se utilizan así como de sus actuales y futuras aplicaciones.

Resultados de aprendizaje

  • CM27 (Integrar el conocimiento sobre la organización, estructura y métodos de estudio de la genómica para la resolución de problemas biológicos complejos.) Integrar el conocimiento sobre la organización, estructura y métodos de estudio de la genómica para la resolución de problemas biológicos complejos.
  • CM28 (Evaluar la relevancia biológica y biomédica de los hallazgos derivados del análisis de datos genómicos, ómicos y de variabilidad.) Evaluar la relevancia biológica y biomédica de los hallazgos derivados del análisis de datos genómicos, ómicos y de variabilidad.
  • CM29 (Diseñar estudios básicos de genómica y ómicas orientados a la investigación de la estructura, función y variación de los genomas.) Diseñar estudios básicos de genómica y ómicas orientados a la investigación de la estructura, función y variación de los genomas.
  • KM22 (Describir las tecnologías y métodos experimentales para el análisis estructural y funcional de los genomas y otras ómicas.) Describir las tecnologías y métodos experimentales para el análisis estructural y funcional de los genomas y otras ómicas.
  • KM23 (Explicar el papel de las técnicas genómicas en el análisis de la variabilidad intraespecífica y los estudios de asociación genotipo-fenotipo.) Explicar el papel de las técnicas genómicas en el análisis de la variabilidad intraespecífica y los estudios de asociación genotipo-fenotipo.
  • SM25 (Utilizar herramientas y bases de datos bioinformáticas para la gestión y el análisis de datos genómicos y de secuenciación.) Utilizar herramientas y bases de datos bioinformáticas para la gestión y el análisis de datos genómicos y de secuenciación.
  • SM27 (Aplicar estrategias de análisis ómico funcional para la investigación de la expresión génica y la función proteica) Aplicar estrategias de análisis ómico funcional para la investigación de la expresión génica y la función proteica

Contenidos

El/la estudiante trabajará los siguientes contenidos dentro del ámbito de la genómica microbiana para dar respuesta a problemas y casos reales, usando herramientas computacionales y consultando bases de datos genómicos:

  • Métodos para el estudio de la genómica
  • Análisis genómicos
  • Concepto de especie en procariotas y taxogenómica
  • Genómica estructural y evolución de los genomas
  • Genómica comparativa: Genoma fundamental y accesorio y pangenoma
  • Genómica funcional: del genoma a la función
  • Genómica poblacional de microrganismos
  • Estructura genómica de comunidades microbianas
  • Patogenómica y otras ómicas
  • Retos actuales de la genómica microbiana

Actividades formativas y Metodología

Título Horas ECTS Resultados de aprendizaje
Tutorías 3 0,12 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27
Lectura de textos especializados 40 1,6 KM22, KM23, SM25
Integrar información y emitir hipótesis 20 0,8 CM27, CM28, CM29
Aprendizaje basado en problemas 37 1,48 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27
Búsqueda y gestión de la información 20 0,8 KM22, KM23, SM25, SM27
Clases teóricas participativas 3 0,12 CM27, CM28, KM22, KM23
Preparación del plan de trabajo, informes y las exposiciones orales 21 0,84 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27

Esta asignatura se impartirá mayoritariamente siguiendo el método de aprendizaje basado en la resolución de problemas (ABP). El grupo clase se dividirá en grupos reducidos que trabajarán de forma independiente en hasta tres problemas planteados por el profesorado. Al inicio de cada problema habrá una clase teórica participativa para introducir conceptos clave. El trabajo en el aula de cada uno de los problemas tendrá una duración aproximada de 13 sesiones, incluyendo las pruebas de evaluación.

El papel del/de la estudiante consistirá en participar activamente en el grupo de trabajo, asignar entre los miembros del grupo las tareas de moderador de las reuniones de grupo, portavoz y coordinador de las actividades. Asimismo, también deberán trabajar individualmente para investigar, seleccionar y gestionar la información para compartir, discutir y reelaborar los nuevos conocimientos con su grupo de trabajo. Finalmente el grupo elaborará informes, expondrá y/o discutirá con el resto de la clase los conocimientos adquiridos, su aplicación en el contexto del problema y en otros contextos. Los grupos también podrían exponer artículos científicos relevantes para la realización de cada problema a modo de seminarios.

El papel del profesorado consistirá en facilitar el proceso de aprendizaje, estimular las discusiones del grupo y el pensamiento crítico, proporcionar las herramientas necesarias para que los/las estudiantes puedan construir conocimiento y orientarlos. En caso necesario, el profesorado impartirá alguna clase magistral participativa adicional. Como actividades supervisadas de la asignatura se podrán realizar tutorías en grupos o individuales para dar soporte a las actividades formativas mencionadas anteriormente. Al inicio del curso, el profesorado explicará a los/las estudiantes la organización de la asignatura y entregará las pautas de trabajo.

Nota: se reservarán 15 minutos de una clase dentro del calendario establecido por el centro o por la titulación para que el alumnado rellene las encuestas de evaluación de la actuación del profesorado y de evaluación de la asignatura o módulo.

Evaluación

Actividades de evaluación continuada

Título Peso Horas ECTS Resultados de aprendizaje
Autoevaluación individual 5% 0,5 0,02 CM27, CM28, CM29
Evaluación de la entrega y presentación del Problema 3 20% 2 0,08 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27
Prueba individual escrita del Problema 1 15% 1 0,04 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27
Evaluación de la entrega del Problema 1 20% 0 0 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27
Autoevaluación de grupo 5% 0,5 0,02 CM27, CM28, CM29
Prueba individual escrita del Problema 2 15% 1 0,04 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27
Evaluación de la entrega y presentación del Problema 2 20% 1 0,04 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27

La evaluación de la asignatura consta de tres unidades, en cada uno de ellas se resolverá un problema planteado. La evaluación de cada unidad se hará según la siguiente distribución:

1. Exámenes asociados con cada problema. Consistente en una prueba escrita o presentación oral específica donde se valoran fundamentalmente los conceptos, metodologías y las competencias específicas de la asignatura trabajadas en el problema planteado. Solamente para los problemas 1 y 2. Peso 15% cada una.

2. Entregas y/o informes asociados a los problemas planteados. El informe puede consistir en un trabajo escrito y/o la exposición oral del mismo. El número y peso específico de las entregas e informes, así como su formato, se indicará en la sesión de presentación del problema. Peso global 60%.

3. Autovaluació individual y del grupo. Cada miembro del grupo deberá evaluarse a sí mismo y el funcionamiento del grupo en la resolución del problema. La nota máxima es de 1,0 puntos sobre 10 (10%).

Los seminarios optativos y la participación activa y creativa en clase/foro podrán sumar hasta 1 punto en la nota final de la asignatura. En algunos casos se realizarán co-evaluaciones de los seminarios de otros estudiantes.

Para superar cada unidad el/la estudiante debe obtener una nota igual o superior a 4,5 puntos en el examen individual de cada problema. En caso de no superar alguna de las evaluaciones individuales escritas, el/la estudiante podrá recuperarla en la evaluación de recuperación programada. Para participar en la recuperación el alumno debe haber sido previamente evaluado en un conjunto de actividades elpeso de las cuales equivalga a un mínimo de dos terceras partes de la cualificación total de la asignatura.

Para superar la asignatura es obligatoria la asistencia a un mínimo de 20 sesiones de aula, incluyendo la asistencia a las sesiones de trabajo del grupo clase, cuya fecha de celebración será establecida por el profesorado durante el desarrollo de la asignatura. La falta no justificada o el no aprovechamiento de las sesiones de aula pueden restar hasta 1 punto de la nota final de la asignatura.

La asignatura se supera cuando la nota media de las actividades de evaluación es igual o superior a 5.

El/la estudiante obtendrá la calificación de \"No Evaluable\" cuando las actividades de evaluación realizadas tengan una ponderación inferior al 67% en la calificación final.

Para el alumnado que se acoja al sistema de evaluación única, esta evaluación consistirá en una única prueba escrita en la que se evaluarán los contenidos de todo el programa de la asignatura. La prueba constará de preguntas de tipo test, otros tipos de preguntas cortas y temas a desarrollar. La nota obtenida en esta prueba de síntesis supondrá el 30% de la nota final de la asignatura. Además, el alumnado entregará todos los informes relacionados con los diferentes problemas abordados durante la asignatura (65% de la nota final) y realizará una autoevaluación de su aprovechamiento (5%). El formato y contenido de estos informes se indicarán al inicio del curso y podría ser diferente a los problemas desarrollados durante el curso regular. Este alumnado podrá participar de las sesiones de aula y formar parte del trabajo en grupo sin afectar al funcionamiento de los equipos. La prueba de evaluación única y el plazo de entrega de los informes se harán coincidircon la fecha de la última prueba de evaluación. Se aplicará el mismo sistema de recuperación y revisión de la calificación final y los mismos criterios para aprobar que por la evaluación continua.

Se permite un uso restringido de la IA por parte de los alumnos. Para esta asignatura, se permite el uso de tecnologías de Inteligencia Artificial (IA) en tareas de apoyo a la preparación de las entregas, como la búsqueda bibliográfica, de programas o de información, la corrección de textos o las traducciones, y la generación de imágenes. El estudiante deberá identificar claramente qué partes han sido generadas con esta tecnología, especificar las herramientas utilizadas e incluir una reflexión crítica sobre cómo estas han influido en el proceso y en el resultado final de la actividad. La falta de transparencia en el uso de la IA en esta actividad evaluable se considerará una falta de honestidad académica y puede comportar una penalización parcial o total en la nota de la actividad.

IMPORTANTE: La realización de cualquier irregularidad en un acto de evaluación (fraude académico, plagio o uso indebido de la IA, salvo que dicho uso esté expresamente autorizado en la guía docente) que pueda conducir a una variación significativa de la calificación supondrá que dicho acto será calificado con un 0. En caso de que la guía docente establezca que, para superar la asignatura, sea requisito haber obtenido una nota mínima en dicho acto de evaluación, o de que se produzcan varias irregularidades en los actos de evaluación de una misma asignatura, la calificación final de la asignatura será 0. Al margen de ello, podrá iniciarse un procedimiento disciplinario contra el estudiante que incurra en alguna de estas irregularidades.

Bibliografía

Es responsabilidad del/de la estudiante buscar la bibliografía necesaria para la resolución de los problemas planteados. Para hacerlo podrá ser asesorado por el profesorado. Aun así se recomiendan los siguientes libros de texto para conceptos básicos de la genómica y casos de estudio.

- Chaitanya, K. V. (2019). Genome and genomics : from archaea to eukaryotes. (1st ed.) Springer. Disponible en línia

- Preston, Gail M. & Nelson, Karen E. & Pallen, Mark J. (2014). Bacterial Pathogenomics. John Wiley & Sons. Disponible en línia

- Rajora, Om P. (2019). Population Genomics : Concepts, Approaches and Applications. (1st ed.) Springer Disponible en línia

- Tettelin, Hervé & Medini, Duccio. (2020). Pan-genome diversity, dynamics and evolution of genomes. (1st ed.) Springer International Publishing Disponible en línia

- Zhou, Jizhong. (2004). Microbial functional genomics.Wiley-Liss Disponible en línia

Software

No existe ningún programario específico para esta asignatura. Cada equipo elaborará su propio programario a lo largo de la asignatura según las necesidades de cada problema planteado.

Grupos e idiomas de la asignatura

La información proporcionada es provisional hasta el 30 de noviembre. A partir de esta fecha, podrá consultar el idioma de cada grupo a través de este enlace. Para acceder a la información, será necesario introducir el CÓDIGO de la asignatura