Logo

Genòmica Microbiana

Codi: 101949
Crèdits: 6
2026/2027
Titulació Tipus Curs
Genètica OP 4

Professor/a de contacte

Nom :
Daniel Yero Corona
Correu electrònic :
daniel.yero@uab.cat

Equip docent

Marc Bravo Bravo

Idiomes dels grups

Podeu consultar aquesta informació al final del document.

Prerequisits

Es recomana haver cursat assignatures relacionades amb Microbiologia, Biologia Molecular de Procariotes i Bioinformàtica.

Objectius

L'objectiu principal d'aquesta assignatura és ampliar la visió de la genòmica microbiana i de les tècniques moleculars i de bioinformàtica que s'utilitzen així com de les seves actuals i futures aplicacions.

Resultats d'aprenentatge

  • CM27 (Integrar el coneixement sobre l’organització, l’estructura i els mètodes d’estudi de la genòmica per a la resolució de problemes biològics complexos.) Integrar el coneixement sobre l’organització, l’estructura i els mètodes d’estudi de la genòmica per a la resolució de problemes biològics complexos.
  • CM28 (Avaluar la rellevància biològica i biomèdica de les troballes derivades de l’anàlisi de dades genòmiques, òmiques i de variabilitat.) Avaluar la rellevància biològica i biomèdica de les troballes derivades de l’anàlisi de dades genòmiques, òmiques i de variabilitat.
  • CM29 (Dissenyar estudis bàsics de genòmica i òmiques orientats a la recerca de l’estructura, funció i variació dels genomes.) Dissenyar estudis bàsics de genòmica i òmiques orientats a la recerca de l’estructura, funció i variació dels genomes.
  • KM22 (Descriure les tecnologies i mètodes experimentals per a l’anàlisi estructural i funcional dels genomes i altres òmiques.) Descriure les tecnologies i mètodes experimentals per a l’anàlisi estructural i funcional dels genomes i altres òmiques.
  • KM23 (Explicar el paper de les tècniques genòmiques en l’anàlisi de la variabilitat intraespecífica i els estudis d’associació genotip-fenotip.) Explicar el paper de les tècniques genòmiques en l’anàlisi de la variabilitat intraespecífica i els estudis d’associació genotip-fenotip.
  • SM25 (Fer servir eines i bases de dades bioinformàtiques per a la gestió i l’anàlisi de dades genòmiques i de seqüenciació.) Fer servir eines i bases de dades bioinformàtiques per a la gestió i l’anàlisi de dades genòmiques i de seqüenciació.
  • SM27 (Aplicar estratègies d’anàlisi òmica funcional per a la recerca de l’expressió gènica i la funció proteica.) Aplicar estratègies d’anàlisi òmica funcional per a la recerca de l’expressió gènica i la funció proteica.

Continguts

L'estudiant treballarà els següents continguts dins l'àmbit de la genòmica microbiana per donar resposta a problemes i casos reals, mitjançant eines computacionals i consultant bases de dades genòmics:

  • Mètodes per a l'estudi de la genòmica
  • Anàlisis genòmics
  • Concepte d'espècie en procariotes i taxogenòmica
  • Genòmica estructural i evolució dels genomes
  • Genòmica comparativa: Genoma fonamental i accessori i pangenoma
  • Genòmica funcional: del genoma a la funció
  • Genòmica poblacional de microorganismes
  • Estructura genòmica de comunitats microbianes
  • Patogenòmica i altres òmiques
  • Reptes actuals de la genòmica microbiana

Activitats formatives i Metodologia

Títol Hores ECTS Resultats d'aprenentatge
Tutories 3 0,12 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27
Lectura de textos especialitzats 40 1,6 KM22, KM23, SM25
Integrar informació i emetre hipòtesis 20 0,8 CM27, CM28, CM29
Aprenentatge basat en problemes 37 1,48 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27
Recerca i gestió d'informació 20 0,8 KM22, KM23, SM25, SM27
Classes teòriques participatives 3 0,12 CM27, CM28, KM22, KM23
Preparació de plans de treball, informes i exposicions 21 0,84 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27

Aquesta assignatura s'impartirà majoritàriament seguint el mètode d'aprenentatge basat en la resolució de problemes (ABP). El grup classe es dividirà en grups reduïts que treballaran de forma independent fins a tres problemes diferents plantejats pel professorat. Al començament de cada problema hi haurà una classe teòrica participativa per introduir-hi conceptes clau. El treball a l'aula de cadascun dels problemes tindrà una durada aproximada de 13 sessions, incloent les proves d'avaluació.

El paper de l'estudiant consistirà en participar activament en el grup de treball, assignar entre els membres del grup les tasques de moderador de les reunions de grup, portaveu i coordinador de les activitats. Així mateix, també hauran de treballar individualment per investigar, seleccionar i gestionar la informació per tal de compartir, discutir i reelaborar els nous coneixements amb el seu grup de treball. Finalment el grup elaborarà informes, exposarà i/o discutirà amb la resta de la classe els coneixements adquirits, la seva aplicació en el context del problema i en altres contextos. Els grups també podrien presentar articles científics rellevants per a la realització de cada problema com a seminaris.

El paper del professorat consistirà en facilitar el procés d'aprenentatge, estimular les discussions del grup i el pensament crític, proporcionar les eines necessàries perquè l'alumnat pugui construir coneixement i orientar-los. En cas que sigui necessari, el professorat impartirà alguna classe magistral participativa addicional. Com a activitats supervisades de l'assignatura es podran realitzar tutories en grup i individuals per tal de donar suport a les activitats formatives indicades anteriorment. Al inici del curs, el professorat explicarà a l'alumnat l'organització de l'assignatura iels lliurarà les pautes de treball.

Nota: es reservaran 15 minuts d'una classe, dins del calendari establert pel centre/titulació, perquè l'alumnat completi les enquestes d'avaluació de l'actuació del professorat i d'avaluació de l'assignatura.

Avaluació

Activitats d'avaluació continuada

Títol Pes Hores ECTS Resultats d'aprenentatge
Autoavaluació individual 5% 0,5 0,02 CM27, CM28, CM29
Avaluació del lliurament i presentació del Problema 3 20% 2 0,08 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27
Prova individual escrita del Problema 1 15% 1 0,04 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27
Avaluació del lliurament del Problema 1 20% 0 0 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27
Autoavaluació del grup 5% 0,5 0,02 CM27, CM28, CM29
Prova individual escrita del Problema 2 15% 1 0,04 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27
Avaluació del lliurament i presentació del Problema 2 20% 1 0,04 CM27, CM28, CM29, KM22, KM23, SM25, SM27

L'avaluació de l'assignatura consta de tres unitats, en cadascuna es resoldrà un problema plantejat. L’avaluació de cada unitat es farà seguint la següent distribució:

1. Exàmens associats a cada problema. Consistent en una prova escrita o presentació oral específica on es valoren fonamentalment els conceptes, metodologies i les competències específiques de l'assignatura treballades en el problema plantejat. Només per als problemes 1 i 2. Pes 15% cadascuna.

2. Lliuraments i/o informes associats als problemes plantejats. L'informe pot consistir en un treball escrit i/o la seva exposició oral. El nombre i pes específic dels lliuraments i/o informes i les activitats de co-avaluació, així com el seu format, s’indicarà en la sessió de presentació del problema. Pes global 60%.

3. Autovaluació individual i del grup. Cada membre del grup haurà d’avaluar-se a ell mateix i el funcionament del grup en la resolució del problema. La nota màxima és de 1,0 punt sobre 10 (10%).

Els seminaris optatius i la participació activa i creativa a classe/fòrum podran sumar fins a 1 punt a la nota final de l'assignatura. En alguns casos els estudiants realitzaran co-avaluacions dels seminaris d'altres estudiants.

Per superar cada unitat l’estudiant ha d’obtenir una nota igual o superior a 4,5 punts en l’examen individual de cada problema. En cas de no superar alguna de les avaluacions individuals escrites, l'estudiant podrà recuperar-la en l'avaluació de recuperació programada. Per participar ala recuperació, l'alumne ha d'haver estat prèviamentavaluat en un conjunt d'activitats el pes de les quals equivalgui a un mínim de dues terceres parts de la qualificació total de l'assignatura.

Per superar l'assignatura és obligatòria l’assistència a un mínim de 20 sessions d'aula, incloent l'assistència a les sessions de treball del grup classe, la data de celebració de les quals serà establerta pel professorat durant el desenvolupament de l'assignatura. La falta no justificada o bé el no aprofitament de les sessions d'aula poden restar fins a 1 punt de la nota final de l'assignatura.

L’assignatura es supera quan la nota mitjana de les activitats d'avaluació és igual o superior a 5.

L'alumnat obtindrà la qualificació de \"No Avaluable\" quan les activitats d'avaluació realitzades tinguin una ponderació inferior al 67% en la qualificació final.

Per a l'alumnat que s'aculli al sistema d'avaluació única, aquesta avaluació consistirà en una única prova escrita en la que s’avaluaran els continguts de tot el programa de l'assignatura. La prova constarà de preguntes de tipus test, altres tipus de preguntes curtes i temes per desenvolupar. La nota obtinguda en aquesta prova de síntesi suposarà el 30% de la nota final de l’assignatura. A més, l'alumnat lliurarà tots els informes relacionats amb els diferents problemes abordats durant l'assignatura (65% de la nota final) i farà una autoavaluació del seu aprofitament (5%). El format i el contingut d'aquests informes s'indicaran a l'inici del curs i podria ser diferent dels problemes desenvolupats durant el curs regular. Aquest alumnat podrà participar de les sessions d'aula i formar part del treball en grup sense afectar el funcionament dels equips. La prova d’avaluacióúnica i el termini de lliurament dels informes es faran coincidir amb la data de la darrera prova d’avaluació. S’aplicarà el mateix sistema de recuperació i revisió de la qualificació final i els mateixos criteris per aprovar que per l’avaluació continuada.

Es permet un us restringit de la IA per part dels alumnes. Per a aquesta assignatura, es permet l'ús de tecnologies d'Intel·ligència Artificial (IA) en tasques de suport a la preparació dels lliuraments, com la cerca bibliogràfica, de programari o d’informació, la correcció de textos o les traduccions, i la generació d’imatges. L'estudiant haurà d'identificar clarament quines parts han estat generades amb aquesta tecnologia, especificar les eines emprades i incloure una reflexió crítica sobre com aquestes han influït en el procés i el resultat final de l'activitat. La no transparència de l’ús de la IA en aquesta activitat avaluable es considerarà falta d'honestedat acadèmica i pot comportar una penalització parcial o total en la nota de l'activitat o sancions majors en casos de gravetat.

IMPORTANT: La realització de qualsevol irregularitat en un acte d’avaluació (frau acadèmic, plagi o ús indegut de la IA, tret que aquest ús estigui autoritzat expressament a la guia docent), que pugui conduir a una variació significativa de la qualificació, suposa que aquest acte es qualificarà amb un 0. En cas que la guia docent prevegi que per superar l’assignatura sigui requisit haver obtingut una nota mínima en aquest acte d’avaluació o que es produeixin diverses irregularitats en els actes d’avaluació d’una mateixa assignatura, la qualificació final d’aquesta assignatura és 0. Al marge d’això, es podrà instruir un procés disciplinari a l’estudiant que incorri en alguna d’aquestes irregularitats.

Bibliografia

Es responsabilitat de l'estudiant cercar la bibliografia necessària per a la resolució dels problemes plantejats. Per a fer-ho podrà estar assessorat pel professorat. Tot i així es recomanen els següents llibres de text per a conceptes bàsics de la genòmica i casos d'estudi.

- Chaitanya, K. V. (2019). Genome and genomics : from archaea to eukaryotes. (1st ed.) Springer. Disponible en línia

- Preston, Gail M. & Nelson, Karen E. & Pallen, Mark J. (2014). Bacterial Pathogenomics. John Wiley & Sons. Disponible en línia

- Rajora, Om P. (2019). Population Genomics : Concepts, Approaches and Applications. (1st ed.) Springer Disponible en línia

- Tettelin, Hervé & Medini, Duccio. (2020). Pan-genome diversity, dynamics and evolution of genomes. (1st ed.) Springer International Publishing Disponible en línia

- Zhou, Jizhong. (2004). Microbial functional genomics.Wiley-Liss Disponible en línia

Programari

No existeix cap programari específic per a aquesta assignatura. Cada equip elaborarà el seu programari al llarg de l'assignatura segons les necessitats de cada problema plantejat.

Grups i idiomes de l'assignatura

La informació proporcionada és provisional fins al 30 de novembre. A partir d'aquesta data, podreu consultar l'idioma de cada grup a través d'aquest enllaç. Per accedir a la informació, caldrà introduir el CODI de l'assignatura