
Laboratorio Integrado V
Código: 101943Créditos: 3
| Titulación | Tipo | Curso |
|---|---|---|
| Genètica | OB | 3 |
Profesor/a de contacto
- Nombre :
- María Pilar Garcia Guerreiro
- Correo electrónico :
- mariapilar.garcia.guerreiro@uab.cat
Equipo docente
- Joaquín Casellas Vidal
- Barbara Negre De Bofarull
- Gemma Armengol Rosell
Idiomas de los grupos
Puede consultar esta información al final del documento.
Prerrequisitos
- Haber cursado o estar cursando las asignaturas teóricas relacionadas con el contenido de las prácticas.
- Justificar haber superado las pruebas de bioseguridad y seguridad que encontrará en el ‘campus virtual’ y ser conocedor y aceptar las normas de funcionamiento del la Facultad de Biociéncias.
- Acudir a las prácticas habiendo revisado el contenido teórico correspondiente a los módulos prácticos.
- No se admitirá ningún alumno sin bata de laboratorio.
- Las prácticas son obligatorias.
- Los alumnos han de asistir a las sesiones prácticas correspondientes a su grupo asignado. Cualquier cambio excepcional debe tener la aprobación del profesor responsable y, en cualquier caso, debe pactarse antes de que comiencen las clases.
Objetivos
El laboratorio integrado V es el quinto curso en una serie de 6 que se distribuyen a lo largo de 6 semestres de los tres primeros cursos del grado de genética. Estos temas pretenden dar una base sólida de procedimientos experimentales, técnicas y habilidades de la genética y otras ciencias afines. La ayuda práctica para reforzar los conceptos teóricos adquiridos en la teoría y nos permite comprender cabalment el diálogo indispensable entre la teoría y experimentación que han dado lugar al cuerpo de conocimientos que constituye la ciencia de la genética.
El laboratorio integrado V tiene como objetivos la adquisición de habilidades experimentales en 3 módulos específicos de contenido:
- Genómica
- Genètica Humana
- Genética cuantitativa y Mejora
Genómica
El objetivo principal del módulo de genómica es entender el proceso de ensamblaje, anotación y análisis de secuencias genómicas. Aparte de aprender a trabajar con secuencias de DNA y proteínas también adquirirá conocimientos sobre la estructura y las características de los diversos elementos funcionales que se pueden encontrar en un genoma.
Genética humana
El objetivo del módulo de genética humana es saber identificar polimorfismos y mutaciones genéticas y relacionarla con la influencia que puede tener en la generación de la diversidad y en procesos patológicos. A través de estas prácticas, el alumno adquirirá habilidades en la aplicación de técnicas instrumentales, moleculares y analíticas.
Genética cuantitativa y mejora
El objetivo de este módulo es entender los principios de la genética cuantitativa y su aplicación en la selección, así como la disponibilidad de herramientas para la identificación de genes individuales que determinan los caracteres complejos.
Resultados de aprendizaje
- CM18 (Integrar técnicas experimentales y herramientas bioinformáticas para la obtención, procesamiento y análisis preliminar de datos biológicos) Integrar técnicas experimentales y herramientas bioinformáticas para la obtención, procesamiento y análisis preliminar de datos biológicos
- CM19 (Diseñar estrategias experimentales y procedimientos de análisis de datos para la resolución de problemas de investigación en genética.) Diseñar estrategias experimentales y procedimientos de análisis de datos para la resolución de problemas de investigación en genética.
- CM20 (Evaluar la relevancia, las limitaciones y la significación biológica de los datos obtenidos mediante técnicas experimentales y computacionales.) Evaluar la relevancia, las limitaciones y la significación biológica de los datos obtenidos mediante técnicas experimentales y computacionales.
- KM13 (Identificar los fundamentos de las técnicas experimentales de genética molecular, genómica y proteómica, así como el uso de bases de datos y herramientas bioinformáticas asociadas.) Identificar los fundamentos de las técnicas experimentales de genética molecular, genómica y proteómica, así como el uso de bases de datos y herramientas bioinformáticas asociadas.
- KM15 (Identificar los métodos cuantitativos y de simulación computacional para la modelización y el análisis de datos en genética de poblaciones y evolución.) Identificar los métodos cuantitativos y de simulación computacional para la modelización y el análisis de datos en genética de poblaciones y evolución.
- SM16 (Aplicar los protocolos de seguridad, bioseguridad y gestión de residuos en la manipulación y procesamiento de muestras biológicas.) Aplicar los protocolos de seguridad, bioseguridad y gestión de residuos en la manipulación y procesamiento de muestras biológicas.
- SM17 (Utilizar herramientas bioinformáticas y bases de datos para la gestión, análisis y simulación de datos genéticos y genómicos.) Utilizar herramientas bioinformáticas y bases de datos para la gestión, análisis y simulación de datos genéticos y genómicos.
- SM18 (Interpretar resultados experimentales y datos genéticos para explicar la base de fenotipos y enfermedades, evaluando sus implicaciones éticas, sociales y de perspectiva de género.) Interpretar resultados experimentales y datos genéticos para explicar la base de fenotipos y enfermedades, evaluando sus implicaciones éticas, sociales y de perspectiva de género.
Contenidos
Módulo de genómica
El módulo de la genómica está organizado en 5 sesiones de 3 horas cada uno que se llevará a cabo en la sala de ordenadores. El trabajo consistirá en el ensamblaje, la anotación y el análisis de una secuencia. En base a unos datos iniciales, la práctica continuará a lo largo de 5 sesiones para que en cada una de ellas se de un paso más en el proceso o examine un aspecto diferente de la secuencia. El trabajo se distribuirá de la siguiente manera:
Sesión 1. Ensamblaje
Sesión 2. Scaffolding
Sesión 3. Anotación de genes ab initio y por homología
Sesión 4. Anotación de genes con RNA-seq
Sesión 5. Discusión y análisis funcional
Módulo de genética humana
El módulo se organiza en 4 sesiones de 4 horas cada uno que se llevará a cabo en el laboratorio. A los estudiantes se les plantearán tres situaciones posibles de un laboratorio de análisis genético: caso de diagnóstico prenatal, caso de la leucemia, población detección de una mutación con posibles aplicaciones (por ejemplo, en la farmacogenética o nutrigenética). Para responder a estas tres situaciones se utilizarán una serie de técnicas, como por ejemplo la citogenética convencional, hibridación fluorescente in situ (FISH) con sondas de seqüència única, la reacción en cadena de polimerasa (PCR) combinada con polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (RFLPs) y/o técnicas de Next Generation Sequencing (NGS).
Módulo genética cuantitativa y mejora
Módulo GQM está organizado en 5 sesiones que tendrán lugar en la sala de ordenadores. Las sesiones serán las clases de teoría con asunto sincrónico (ver calendario), para que elestudiante pueda trabajar y reflejar los conceptos esenciales y metodologías de la materia. Las sesiones son los siguientes:
Sesión 1: Visita a la granja de la Facultad de Veterinaria de la UAB (3h)
Sesión 2: Estudio de asociación de genoma completo (GWAS) (3h)
Sesión 3: BLUP (Mejor Predicción Lineal Insesgada) (3h)
Sesión 4: Respuesta a la selección (3h)
Sesión 5: Evaluación genómica de reproductores (3h)
Actividades formativas y Metodología
| Título | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
|---|---|---|---|
| Libreta laboratorio | 5 | 0,2 | CM18, CM20, SM16, SM18 |
| Módulo Genética Cuantitiva y Mejora. | 15 | 0,6 | CM18, CM19, CM20, KM13, SM16, SM18 |
| Estudio | 23 | 0,92 | CM18, CM19, CM20, KM13, KM15, SM17, SM18 |
| Módulo Genómica | 15 | 0,6 | CM18, CM19, CM20, KM13, SM17, SM18 |
| Módulo Genética Humana | 16 | 0,64 | CM18, CM19, CM20, KM13, SM16, SM18 |
| Tutorías individuales | 1 | 0,04 | CM18, SM17 |
La asignatura se imparte en grupos reducidos de alumnos (máximo 20 por sesión) en el laboratorio o en las aulas de informática. Los estudiantes disponen de un manual o guión de prácticas para cada Módulo. Hay que leer atentamente la parte correspondiente a cada sesión antes de iniciar la práctica con el fin de obtener el máximo aprovechamiento. Los alumnos deberán asistir obligatoriamente al grupo de prácticas asignado. Sólo se aceptarán cambios puntuales siempre que sean equilibrados (un alumno de un grupo por un alumno de otro grupo). Si un alumno no ha podido realizar una sesión de prácticas con su grupo podrá recuperarla asistiendo a otro grupo, siempre y cuando el grupo en cuestión disponga de plazas libres.
Módulo Genómica
Aprendizaje autónomo guiado por el / la profesor / a de la práctica. Los alumnos deberán elaborar los datos, interpretar los resultados obtenidos y responder a las diferentes cuestiones planteadas en el guión de prácticas.
Módulo Genética Humana
El estudiante realizará el trabajo experimental de forma autónoma siguiendo el guión de prácticas y con la ayuda del profesor de la práctica. Después de obtener los resultados, éstos se tendrán que analizar e interpretar. Al guión de prácticas también habrá unas preguntas para ayudar a este análisis e interpretación de los resultados.
Módulo Genética Cuantitativa y Mejora
Cada sesión comienza con una introducción por parte delprofessor y luego el alumno / a deberá seguir el guión de prácticas y obtener suspropios resultados, siempre bajo la supervisión del profesor.
Evaluación
Actividades de evaluación continuada
| Título | Peso | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
|---|---|---|---|---|
| Módulo Genética Humana. Evaluación continua de los resultados trabajados | 33.33% | 0 | 0 | CM18, CM19, CM20, KM13, SM16, SM18 |
| Módulo Genética Cuantitiva y Mejora. Evaluación continua de los resultados trabajados | 33.3% | 0 | 0 | CM18, CM19, CM20, KM13, KM15, SM17, SM18 |
| Módulo Genómica. Evaluación continua de los resultados trabajados | 33.3% | 0 | 0 | CM18, CM19, CM20, KM13, SM17, SM18 |
La asistencia a las prácticas es obligatoria y, por tanto, una ausencia sin causa justificada podrá comportar la no evaluación de uno o más módulos.
Se entiende por causa justificada problemas de salud (habrá que llevar el correspondiente certificado médico al coordinador de las prácticas) o problemas personales graves.
En este caso, la práctica se recuperará siempre que sea posible. Si las ausencias justificadas superan el 25% de las sesiones de alguno de los módulos, la asignatura será calificada con un No Evaluable.
Módulo Genómica
Las prácticas se evaluarán mediante la entrega de los resultados obtenidos durante la práctica que deberán ser presentados de forma clara y comprensible. Se valorará la corrección de los datos obtenidos. También se tendrá en cuenta la actitud y el trabajo del alumno / a en el aula.
Módulo Genética Humana
Las prácticas se evaluarán mediante la entrega de un informe de los resultados obtenidos durante la práctica. Se valorará especialmente la interpretación que se haga de los datos obtenidos.
También se tendrá en cuenta la actitud y el trabajo del alumno en el laboratorio.
Módulo Genética Cuantitativa y Mejora
Al final de cada práctica, se evaluará el grado de logro del alumnado mediante la resolución de ejercicios, la elaboración de un informe o cualquier otra evidencia que indique el profesor responsable de la práctica. Se tendrá en cuenta la precisión en la resolución de las cuestiones planteadas, la claridad en laexposición de los comentarios y conclusiones, así como la presentación formal. También se evaluará la actitud del alumno/a durante las prácticas.
Para aprobar la asignatura hay primero aprobar cada módulo con una nota ≥ 5. Los estudiantes que no superen los diferentes módulos de la asignatura los podrán recuperar en la fecha programada para la evaluación de recuperación de la asignatura.
El alumno que no haya superado uno de los módulos después de la evaluación de recuperación, no aprobará la asignatura. Sin embargo, no será necesario que un alumno repetidor realice las actividades docentes ni las evaluaciones de ese módulo superado a partir de la segunda matrícula. Los repetidores solo tendrán que evaluar del módulo concreto que no hayan superado. Esta exención se mantendrá por un periodo de tres matrículas adicionales. La nota final es el promedio de las notas de cada módulo.
No evaluable. Se obtendrá la calificación de \"No Evaluable\" cuando el número de actividades de evaluación realizadas sea inferior al 50% de las programadas.
Para participar en la recuperación, el alumnado debe haber estado previamente evaluado en un conjunto de actividades, el peso de las cuales equivalga a un mínimo de dos terceras partes de la calificación total de la asignatura o módulo. Por tanto, el alumnado obtendrá la calificación de \"No Avaluable\" cuando las actividades de evaluación realizadas tengan una ponderación inferior al 67% en la calificación final.
La asistencia a las sesiones prácticas es obligatoria\". El alumnado obtendrá la calificación de \"No Avaluable\" cuando su ausencia sea superior al 25% de las sesiones de alguno de los módulos.
El alumnado que se acoja a la evaluación única debe realizar las prácticas de laboratorio en sesiones presenciales, ya que son actividades docentes de asistencia obligatoria.
Este sistema de evaluación única se aplicará a los módulos 1 (Genómica), 2 (Genética Humana) y 3 (Genética Cuantitativa y Mejora), y consistirá en una prueba de síntesis única sobre los contenidos de las prácticas más la entrega de informe o memoria sobre las prácticas.
La nota obtenida en la prueba de síntesis será el 50% de la nota del módulo correspondiente. El informe o memoria será el 50% restante y podrá ser entregado en la misma fecha fijada para la evaluación continua o coincidiendo con la fecha de la prueba de síntesis única.Si la práctica se realiza con un compañero (pareja) que no se acoge a la evaluación única, la entrega del informe (conjunto) será en la misma fecha fijada para la evaluación continua.La prueba de evaluación única se realizará en una fecha acordada entre el alumnado, la coordinación de la asignatura y los/las responsables de cada módulo.
Se aplicará el mismo criterio para aprobar la asignatura y el mismo sistema de recuperación que por la evaluación continua. La revisión de la calificación final sigue el mismo procedimiento que para la evaluación continua.
La realización de cualquier irregularidad en una actividad de evaluación (fraude académico, plagio o uso indebido de la IA, salvo que dicho uso esté expresamente autorizado en la guía docente) que pueda dar lugar a una variación significativa de la calificación supondrá que dicha actividad sea calificada con un 0. En caso de que la guía docente prevea que, para superar la asignatura, sea requisito imprescindible haber obtenido una nota mínima en esta actividad de evaluación, o de que se produzcan varias irregularidades en las actividades de evaluación de una misma asignatura, la calificación final de dicha asignatura será de 0. Además, podrá iniciarse un procedimiento disciplinario contra el estudiante que incurra en alguna de estas irregularidades.
Bibliografía
Módulo Genómica
Incluida en el guión de prácticas que está a disposición de los alumnos en el Campus Virtual.
Módulo Genética Humana
Incluida en el guión de prácticas que está a disposición de los alumnos en el Campus Virtual.
Módulo Genética Cuantitativa y Mejora
Software
MEGA (https://www.megasoftware.net/)
|
PLINK (P2) |
PLINK 1.9 beta
https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/ GCTA Windows gcta-1.94.1-Win-x86_64.zip https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/#Download The source code are released under GPL v3 R for windows
RStudio
Notepad++
|
|
R (P3 y P4)
|
https://cran.r-project.org/bin/windows/base/ |
|
Genup (P5) |
http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/genup.htm
|
Grupos e idiomas de la asignatura
La información proporcionada es provisional hasta el 30 de noviembre. A partir de esta fecha, podrá consultar el idioma de cada grupo a través de este enlace. Para acceder a la información, será necesario introducir el CÓDIGO de la asignatura
| Tipo de docencia | Grupo | Idioma | Semestre | Turno |
|---|---|---|---|---|
| (PLAB) Prácticas de laboratorio | 631 | Catalán/Español | primer cuatrimestre | manaña-mixto |
| (PLABs) Suport a les pràctiques de laboratori | 631 | Catalán/Español | primer cuatrimestre | manaña-mixto |
| (PLAB) Prácticas de laboratorio | 632 | Catalán/Español | primer cuatrimestre | tarde |
| (PLABs) Suport a les pràctiques de laboratori | 632 | Catalán/Español | primer cuatrimestre | tarde |
| (PLAB) Prácticas de laboratorio | 633 | Catalán/Español | primer cuatrimestre | tarde |
| (PLABs) Suport a les pràctiques de laboratori | 633 | Catalán/Español | primer cuatrimestre | tarde |