
Laboratori Integrat 6
Codi: 100923Crèdits: 3
| Titulació | Tipus | Curs |
|---|---|---|
| Biotecnologia | OB | 3 |
Professor/a de contacte
- Nom :
- Nathalia Varejao Nogueira
- Correu electrònic :
- nathalia.varejao@uab.cat
Equip docent
- Margarida Julià Sapé
- Escarlata Rodriguez Carmona
- Carme Roura Mir
Idiomes dels grups
Podeu consultar aquesta informació al final del document.
Prerequisits
Es recomanda cursar o estar cursant simultàniament les assignatures de teoria corresponents als continguts de les pràctiques de laboratori:
Bioinformàtica
Immunologia
Tècniques Experimentals Avançades
Virologia
Per poder assistir-hi, cal que l’alumnat justifiqui haver superat les proves de bioseguretat i de seguretat que trobarà al Campus Virtual, així com que conegui i accepti les normes de funcionament dels laboratoris de la Facultat de Biociències.
Objectius
El Laboratori Integrat 6 és l'última assignatura d’un conjunt de 6 que es distribueixen a llarg del 6 semestres corresponents als tres primers cursos del Grau en Biotecnologia.
Els objectius formatius d’aquestes assignatures es centren en l’adquisició de competències en el marc de la formació pràctica de l’alumnat.
Els continguts s’organitzen en ordre creixent de complexitat i associats a les necessitats i a l’avenç dels continguts teòrics del Grau.
El Laboratori Integrat 6 té com objectius formatius l’adquisició de competències pràctiques en 4 continguts específics:
- Bioinformàtica
- Immunologia
- Tècniques Instrumentals Avançades
- Virologia
Resultats d'aprenentatge
- CM24 (Revisar les normes generals de seguretat d'un laboratori de biotecnologia.) Revisar les normes generals de seguretat d'un laboratori de biotecnologia.
- KM23 (Reconèixer les principals característiques microscòpiques que distingeixen les cèl·lules procariotes de les eucariotes, i les cèl·lules animals de les vegetals.) Reconèixer les principals característiques microscòpiques que distingeixen les cèl·lules procariotes de les eucariotes, i les cèl·lules animals de les vegetals.
- KM24 (Descriure el fonament teòric i les tècniques adequades per a la caracterització estructural i funcional de proteïnes i àcids nucleics.) Descriure el fonament teòric i les tècniques adequades per a la caracterització estructural i funcional de proteïnes i àcids nucleics.
- SM20 (Utilitzar les tècniques bàsiques de manipulació, separació, detecció i anàlisi de proteïnes i àcids nucleics.) Utilitzar les tècniques bàsiques de manipulació, separació, detecció i anàlisi de proteïnes i àcids nucleics.
- SM21 (Utilitzar les tècniques de cultiu de cèl·lules procariotes i eucariotes i de manipulació de sistemes biològics.) Utilitzar les tècniques de cultiu de cèl·lules procariotes i eucariotes i de manipulació de sistemes biològics.
- SM22 (Utilitzar les metodologies analítiques per a l'assaig de l'activitat biològica dels components cel·lulars.) Utilitzar les metodologies analítiques per a l'assaig de l'activitat biològica dels components cel·lulars.
Continguts
L'assignatura s'estructura en 4 tipus de continguts:
Bioinformàtica
3 sessions de 4 hores, en principi, a l'aula d'informàtica.
L’alumnat realitzarà un miniprojecte que consistirà a descobrir un gen nou, i caracteritzar-lo, utilitzant eines bioinformàtiques. Com a “gen nou”, entenem un que no hagi estat prèviament anotat.
L'alumnat haurà de posar en pràctica els coneixements adquirits a l'assignatura de Bioinformàtica, per exemple: estudi de les característiques de la proteïna de partida, cerques a bases de dades, i cerques avançades a BLAST, multialineaments i arbres filogenètics, predicció d’estructura tridimensional, estudi de dominis, comparació i classificació estructural
Immunologia
3 sessions de 4 hores de treball pràctic al laboratori que inclouran les anàlisis següents:
Pràctiques:
1.Separació de cèl·lules mononuclears amb gradient de densitat.
2.Assaig de proliferació de limfòcits T i anàlisi per citometria de flux
3.Precipitació i aglutinació d'immunoglobulines del sèrum.
4.Quantificació d'immunoglobulines humanes mitjançant ELISA.
5.Anàlisi de la funció lítica del Sistema del Complement (càlcul CH50)
Tècniques Instrumentals Avançades
Són 3 sessions de 4 hores cadascuna, on les dues primeres es fan al laboratori i l’última a la sala d’ordinadors.
Pràctiques:
1. Microscòpia
2. Transformació d’un plasmidi
3. Citometria
4. Càlcul de la CMI (Concentració Mínima Inhibitòria)
5. Pràctica d’ordinador: Anàlisi de resultats: ImageJ i Flowing Software
Virologia
4 sessions de 4 hores cadascuna. La sessió de dijous inclou 2 hores al Servei de Microscòpia de la UAB i la última sessió de pràctiques inclou seminari de presentació per part de l’alumnat d’una de les pràctiques que es fan al laboratori amb anàlisi dels resultats obtinguts i l’examen individual de les pràctiques.
Pràctiques:
1. Quantificació i inactivació per temperatura de suspensions víriques.
2. Obtenció de lisats vírics: infecció i amplificació.
3. Detecció de virus en aigües residuals: purificació de genomes vírics i identificació de virus per amplificació específica de gens vírics.
4. Neutralització de virus per anticossos.
5. Observació de virus per microscòpia electrònica de transmissió.
6. Plantejament i execució d'un problema pràctic.
Per raons de seguretat, aquestes pràctiques es realitzen amb bacteriòfags, que no poden infectar o transduir cèl·lules de mamífer, i amb àcids nucleics vírics no infecciosos. Tot el material lliurat a l’alumnat està lliure de virus que puguin infectar o transduir mamífers. En qualsevol cas, les tècniques bàsiques de manipulació en un laboratori de Virologia són comparables a les que es fan servir quan es treballa amb virus de bacteris o virus d'eucariotes i, per tant, els objectius proposats es poden assolir perfectament.
Activitats formatives i Metodologia
| Títol | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
|---|---|---|---|
| Anàlisi de resultats i resolució de qüestionaris | 7 | 0,28 | CM24, KM23, KM24, SM20, SM21, SM22 |
| Preparació de presentacions | 7,5 | 0,3 | CM24, KM23, KM24, SM20, SM21, SM22 |
| Classes pràctiques de laboratori i d'aula d'informàtica | 52 | 2,08 | CM24, KM23, KM24, SM20, SM21, SM22 |
| Estudi | 6 | 0,24 | CM24, KM23, KM24, SM20, SM21, SM22 |
L'assistència a les classes d'aquesta assignatura és obligatòria atès que impliquen una adquisició de competències basades en el treball pràctic.
L’alumnat es distribueix en 4 grups de pràctiques.
Bioinformàtica
Les sessions s’impartiran a l’aula d’informàtica.
Per a la realització de les pràctiques l'alumnat treballarà en parelles sota la supervisió del professorat responsable.
Durant les tres sessions de pràctiques es farà la resolució del miniprojecte proposat en el qual l’alumnat haurà d’aplicar haurà d'aplicar les eines utilitzades en l'assignatura Bioinformàtica al descobriment i la caracterització d’una proteïna no anotada. En la resolució d'aquest cas, s'espera que l’alumnat sigui capaç d'utilitzar correctament les eines informàtiques treballades, plantejar les preguntes adients, elaborar un pla de treball i, finalment, fer una presentació de síntesi en PowerPoint de la informació obtinguda, juntament amb la seva interpretació.
Immunologia,
Tècniques experimentals avançades i
Virologia
Classes pràctiques de laboratori i anàlisi de dades.
L’alumnat realitza el treball experimental en grups de 2-3 persones i sota la supervisió del professorat responsable.
Els protocols de pràctiques i, si és el cas, els qüestionaris de resposta, estaran disponibles a l’aula Moodle de l'assignatura
Abans de començar una sessió de pràctiques l’alumnat ha d’haver llegit el protocol i conèixer per tant, els objectius de la pràctica, els fonaments i els procediments que haurà de realitzar.
Cal haver superat el test de seguretat i de bioseguretat als laboratoris.
A les sessions de pràctiques cal portar:
- Protocol i, si és el cas, el qüestionari.
- Una llibreta per a recollir la informació del treball experimental.
- Bata de laboratori.
- Ulleres de protecció.
- Retolador permanent.
- Calculadora.
El calendari de pràctiques es pot consultar a la pàgina web de la Facultat de Biociències.
La distribució de l’alumnat en els en els grups de pràctiques es pot consultar a l'Espai del Grau en Biotecnologia al Campus Virtual.
Avaluació
Activitats d'avaluació continuada
| Títol | Pes | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
|---|---|---|---|---|
| Tècniques Instrumentals Avançades. Resolució del qüestionari i treball al laboratori | 25% | 0 | 0 | CM24, KM23, KM24, SM20, SM21, SM22 |
| Immunologia. Resolució del qüestionari, informe i treball al laboratori. | 25% | 1 | 0,04 | CM24, KM23, KM24, SM20, SM21, SM22 |
| Bioinformàtica: Presentació en power point i treball a l'aula | 25% | 0 | 0 | CM24, KM23, KM24, SM20, SM21, SM22 |
| Virologia. Prova escrita amb preguntes test i exposició oral | 25% | 1,5 | 0,06 | CM24, KM23, KM24, SM20, SM21, SM22 |
Bioinformàtica.
L'avaluació es farà mitjançant el lliurament via Moodle dels resultats obtinguts. El format serà de presentació en PowerPoint. El termini per al lliurament serà en finalitzar la darrera sessió de pràctiques. Aquest treball es presentarà al professorat i a la resta de l’alumnat el darrer dia de classe en una presentació breu (5-10 min), i es penjarà al CV. Aquesta presentació oral permetrà obtenir un 25% de la nota final de l'assignatura. D'aquest 25%, el 20% correspondrà a l'avaluació del professorat i un 5% s'obtindrà mitjançant l'avaluació entre iguals del treball presentat.
Immunologia
L'avaluació es basa en dos criteris:
1) La resolució individual d'un qüestionari escrit amb preguntes tipus test i preguntes de desenvolupament (60% de la nota del mòdul d'immunologia) que es realitzarà una vegada acabades totes les sessions de laboratori, en una sola prova per a tot l'alumnat.
2) L'elaboració d'un informe de cada pràctica (extensió màxima una pàgina per pràctica) on es descriuran, analitzaran i discutiran els resultats obtinguts (40% de la nota del mòdul d'immunologia). Aquest informe s'haurà de lliurar en un termini màxim d'una setmana després de fer la darrera sessió de laboratori.
Tots dos elements contribuiran a l'obtenció del 25% de la nota global de l'assignatura.
Tècniques instrumental avançades.
L’avaluació es farà mitjançant la resolució d’un informe que l’alumnat lliurarà al professorat, com a màxim 15 dies després de la finalització de les pràctiques (20% de la nota global de l'assignatura) i l'actitud i el treball de l'alumnat en les sessions (5% de la nota global de l'assignatura).
Virologia.
L'avaluació implica dues activitats:
1. Una prova escrita individual amb preguntes tipus test amb 4 possibles respostes (18% de la nota global de l'assignatura) i,
2. Una exposició oral d'una de les pràctiques experimentals en la que es valorarà el contingut i organització de l'exposició, la qualitat de les diapositives i la qualitat de la comunicació (7% de la nota global de l'assignatura).
Avaluació global de l'assignatura.
L'assistència a les activitats programades de l'assignatura Laboratoris Integrats és obligatòria. L'absència a alguna de les sessions ha de ser justificada. Les absències no podran ser superiors al 20% de les activitats programades. Per a superar l’assignatura cal obtenir una qualificació final igual o superior a 5,0 i obtenir un mínim de qualificació de 3,5 en cada mòdul. L'alumnat que no assoleixi la qualificació mínima en un o més dels mòduls rebran una qualificació final màxima de l’assignatura de 3,5 punts sobre 10.
Es considerarà que l'alumnat obté la qualificació de No Avaluable quan hagi assistit a menys del 20% de les sessions programades.
L'alumnat repetidor tant sols hauran de realitzar i ser avaluats en els mòduls que no hagi superat en la primera matrícula (qualificació inferior a 4,0). Per als grups de continguts superats es guardarà la nota durant un màxim de tres matrícules.
Avaluació única
L’alumnat que s’aculli a l’avaluació única ha de fer les pràctiques de laboratori (PLAB) en les sessions presencials programades al calendari.
L’avaluació única consisteix en una prova de síntesi única amb preguntes de tots el mòduls del laboratori integrat el dia programat al calendari acadèmic. La nota obtinguda en la prova de síntesi és el 72% de la nota final de l’assignatura. L’actitud durant les pràctiques, l’assistència i les avaluacions no recuperables representaran el 28% restant.
S’aplicarà el mateix sistema de recuperació que per l’avaluació continuada.
La realització de qualsevol irregularitat en un acte d’avaluació (frau acadèmic, plagi o ús indegut de la IA, tret que aquest ús estigui autoritzat expressament a la guia docent), que pugui conduir a una variació significativa de la qualificació, suposa que aquest acte es qualificarà amb un 0. En cas que la guia docent prevegi que per superar l’assignatura sigui requisit imprescindible haver obtingut una nota mínima en aquest acte d’avaluació o que es produeixin diverses irregularitats en els actes d’avaluació d’una mateixa assignatura, la qualificació final d’aquesta assignatura és 0. Al marge d’això, es podrà instruir un procés disciplinari a l’estudiant que incorri en alguna d’aquestes irregularitats.
Bibliografia
Virologia
La bibliografia i els enllaços web s’indiquen en els protocols de pràctiques o, si és el cas, en la Guia Docent de la corresponent assignatura de teoria.
A. Granoff and R.G. Webster. Encyclopedia of virology (on-line Ed.) Academic Press. London.
(http://www.sciencedirect.com/science/referenceworks/9780123744104)
Cann, Alan J. 2015. Principles of molecular virology. 6th ed. ISBN 9780128019467. Elsevier Academic Press (https://cataleg.uab.cat/iii/encore/record/C__Rb1949706)
(https://www-sciencedirect com.are.uab.cat/referencework/9780123744104/encyclopedia-of-virology)
Pels altres mòduls la bibliografia és el propi guió de pràctiques.
Programari
Programas:
Jalview: https://www.jalview.org/
MEGA X: https://www.megasoftware.net/
Notepad++: https://notepad-plus-plus.org/downloads/ç
Icn3d: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/icn3d-3.2.0.zip
PyMol: https://pymol.org/2/
Páginas web y Webservers:
https://services.healthtech.dtu.dk/
https://www.ebi.ac.uk/services
https://search.foldseek.com/search
Immunologia
No cal l'ús de programes específics en aquesta assignatura.
Virologia
No cal l'ús de programes específics en aquesta assignatura.
Tècniques instrumentals avançades
Image J: https://imagej.nih.gov/ij/
Flowing Software: https://bioscience.fi/services/cell-imaging/flowing-software/
Grups i idiomes de l'assignatura
La informació proporcionada és provisional fins al 30 de novembre. A partir d'aquesta data, podreu consultar l'idioma de cada grup a través d'aquest enllaç. Per accedir a la informació, caldrà introduir el CODI de l'assignatura
| Tipus de docència | Grup | Idioma | Semestre | Torn |
|---|---|---|---|---|
| (PLAB) Pràctiques de laboratori | 431 | Català/Castellà | segon quadrimestre | tarda |
| (PLABs) Suport a les pràctiques de laboratori | 431 | Català/Castellà | segon quadrimestre | tarda |
| (PLAB) Pràctiques de laboratori | 432 | Català/Castellà | segon quadrimestre | tarda |
| (PLABs) Suport a les pràctiques de laboratori | 432 | Català/Castellà | segon quadrimestre | tarda |
| (PLAB) Pràctiques de laboratori | 433 | Català/Castellà | segon quadrimestre | tarda |
| (PLABs) Suport a les pràctiques de laboratori | 433 | Català/Castellà | segon quadrimestre | tarda |
| (PLAB) Pràctiques de laboratori | 434 | Català/Castellà | segon quadrimestre | tarda |
| (PLABs) Suport a les pràctiques de laboratori | 434 | Català/Castellà | segon quadrimestre | tarda |