Avís important
La guia docent és provisional.
La versió en PDF de la guia docent pot tardar uns dies en estar disponible al DDD.
Genòmica Vegetal
Codi: 44782Crèdits: 6
| Titulació | Tipus | Curs |
|---|---|---|
| Biologia, Genòmica i Biotecnologia Vegetals / Plant Biology, Genomics and Biotechnology | OB | 1 |
Professor/a de contacte
- Nom :
- Narciso Campos Martinez
- Correu electrònic :
- narciso.campos@uab.cat
Equip docent
- Maria Jose Aranzana Civit
- Pau Carnicero Campmany
- L. Maria Lois Rojas
- Werner Howad
- Raul Castanera Andres
- Pere Arús Canals
- Ana Martin Hernandez
Equip docent (extern a la UAB)
- Alfonso Saera Vila
- Igor Flórez Sarasa
Idiomes dels grups
Podeu consultar aquesta informació al final del document.
Prerequisits
Bon domini de l'anglès
Bona experiència en genètica, biologia molecular i enginyeria genètica
Objectius
Descriure les bases teòriques i tecnològiques de l'organització, funció i evolució dels genomes de les plantes i les seves aplicacions per a la millora de las plantas de cultiu.
Resultats d'aprenentatge
- CA05 (Reconèixer les consideracions ètiques, de responsabilitat social i legals en l'ús de dades genòmiques valorant el respecte als drets humans fonamentals i l'impacte econòmic i mediambiental per a aplicar-les a l'entorn científic i professional, d'acord amb els objectius de desenvolupament sostenible.) Reconèixer les consideracions ètiques, de responsabilitat social i legals en l'ús de dades genòmiques valorant el respecte als drets humans fonamentals i l'impacte econòmic i mediambiental per a aplicar-les a l'entorn científic i professional, d'acord amb els objectius de desenvolupament sostenible.
- CA06 (Aplicar els coneixements adquirits en entorns nous o poc coneguts dins de contextos més amplis (o multidisciplinaris) relacionats amb la biologia, la genòmica i la biotecnologia vegetals.) Aplicar els coneixements adquirits en entorns nous o poc coneguts dins de contextos més amplis (o multidisciplinaris) relacionats amb la biologia, la genòmica i la biotecnologia vegetals.
- KA05 (Reconèixer el paper de les dones científiques en l'àmbit de la genètica i la genòmica.) Reconèixer el paper de les dones científiques en l'àmbit de la genètica i la genòmica.
- KA06 (Definir conceptes relacionats amb la genòmica vegetal i seleccionar les metodologies de seqüenciació i anotació dels genomes vegetals més adequades.) Definir conceptes relacionats amb la genòmica vegetal i seleccionar les metodologies de seqüenciació i anotació dels genomes vegetals més adequades.
- SA09 (Comunicar els resultats de la investigació en l'organització i la funció dels genomes vegetals en anglès, oralment i per escrit, utilitzant una terminologia científica adequada.) Comunicar els resultats de la investigació en l'organització i la funció dels genomes vegetals en anglès, oralment i per escrit, utilitzant una terminologia científica adequada.
- SA10 (Aplicar els coneixements de genòmica vegetal a l'estudi dels mecanismes evolutius i la sistemàtica de plantes i fongs.) Aplicar els coneixements de genòmica vegetal a l'estudi dels mecanismes evolutius i la sistemàtica de plantes i fongs.
- SA11 (Aplicar aproximacions de tipus òmic a la identificació de nous gens i processos d'interès en investigació bàsica i aplicada.) Aplicar aproximacions de tipus òmic a la identificació de nous gens i processos d'interès en investigació bàsica i aplicada.
- SA12 (Aplicar eines bioinformàtiques a estudis genòmics de sistemàtica i filogènia vegetal.) Aplicar eines bioinformàtiques a estudis genòmics de sistemàtica i filogènia vegetal.
Continguts
- Organització, funció i regulació del genoma de plantes.
- Anàlisi i funcións del RNA.
- Evolució molecular de les plantes.
- Marcadors genètics i millorament molecular.
- Estratègies de seqüenciació i anotació genòmica.
- Aproximacions òmiques
- Eines bioinformàtiques aplicades a estudis òmics i evolutius
Activitats formatives i Metodologia
| Títol | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
|---|---|---|---|
| Pràctiques de laboratori informàtic | 10 | 0,4 | |
| Treball d'estudi i aprenentatge | 52 | 2,08 | |
| Pràctiques d'aula | 4 | 0,16 | |
| Seminaris | 5 | 0,2 | |
| Preparació de presentacions orals i memòria escrita per a seminaris | 51 | 2,04 | |
| Clases teòriques | 22 | 0,88 | |
| Visita externa | 4 | 0,16 |
- Sessions teòriques dels diferents temes del programa. Les presentacions de PowerPoint estaran disponibles al Campus Virtual UAB.
- Lectura i anàlisi de treballs de recerca seleccionats pels estudiants, per a la seva presentació i discussió en les sessions del seminaris.
- Sessions pràctiques sobre eines bioinformàtiques aplicades a estudis òmics i evolutius.
- Visita al Centre de Recerca en Agrigenòmica (CRAG) al Campus de la UAB.
En aquesta assignatura, es permet l'ús de tecnologies d'Intel·ligència Artificial (IA) exclusivament en la cerca bibliogràfica o d’informació. L'estudiant haurà d'identificar clarament quines parts han estat generades amb aquesta tecnologia i especificar les eines emprades. La no transparència de l’ús de la IA en les activitats avaluables es considerarà falta d'honestedat acadèmica i pot comportar una penalització parcial o total en la nota de l'activitat, o sancions majors en casos de gravetat.
Avaluació
Activitats d'avaluació continuada
| Títol | Pes | Hores | ECTS | Resultats d'aprenentatge |
|---|---|---|---|---|
| Informe escrit (filogenòmica) | 15 | 0 | 0 | CA05, CA06, KA05, KA06, SA09, SA10, SA11 |
| Presentació oral (seminari) | 25 | 0 | 0 | CA05, CA06, KA05, KA06, SA09, SA10, SA11, SA12 |
| Informe escrit (seminari) | 25 | 0 | 0 | CA05, CA06, KA05, KA06, SA09, SA10, SA11, SA12 |
| Examen escrit | 35 | 2 | 0,08 | CA05, CA06, KA05, KA06, SA09, SA10, SA11, SA12 |
- Examen tipus test
- Informe escrit de la pràctica de filogenòmica
- Informe escrit d'un article científic (treball d'investigació o article de revisió)
- Presentació oral de l'article científic en la sessió de seminari
- Assistència y participació en les classes i seminari
- L'estudiant superarà l'assignatura quan la suma de les seves qualificacions arribi a un mínim de 5 sobre 10
Aquesta assignatura no preveu el sistema d’avaluació única.
En aquesta assignatura, es permet l'ús de tecnologies d'Intel·ligència Artificial (IA) exclusivament en la cerca bibliogràfica o d’informació. L'estudiant haurà d'identificar clarament quines parts han estat generades amb aquesta tecnologia i especificar les eines emprades. La no transparència de l’ús de la IA en les activitats avaluables es considerarà falta d'honestedat acadèmica i pot comportar una penalització parcial o total en la nota de l'activitat, o sancions majors en casos de gravetat.
Bibliografia
- Plant genes, genomes and genetics (Wiley, 2015) -- Erich Grotewold, Joseph Chappell, Elizabeth A. Kellogg. [ https://bibcercador.uab.cat/permalink/34CSUC_UAB/1qnjagj/alma991010871780206709 ]
- Molecular Plant Breeding (Iowa State University Digital Press, 2023) — eds. Suza & Lamkey. Accés obert, llicència Creative Commons [ https://www.iastatedigitalpress.com/plugins/books/133/ ]
- Molecular Plant Breeding (CABI Digital Library 2010) eds. Yunbi Xu [ https://www.cabidigitallibrary.org/doi/book/10.1079/9781845933920.0000 ] Paperback: ISBN : 978-1-84593-982
- Plant Molecular Breeding in Genomics Era (Springer, 2024) — eds. Al-Khayri, Ingle, Jain & Penna (Advances in Plant Breeding Strategies, vol. 3) [ https://www.amazon.com/Plant-Molecular-Breeding-Genomics-Era/dp/3031685857 ]
A més, es proporcionaran lectures específiques (llibres, capítols de llibres i articles de revistes) per a cada sessió del curs.
També es facilitaran enllaços web útils.
Programari
Genòmica Vegetal, presentació de l'assignatura. Programa de sessions. Seminaris. Avaluació. Visita al CRAG.
Organització dels genomes vegetals. Genoma nuclear. Ploïdia. Regions codificants i no codificants del genoma. DNA repetitiu. Evolució de gens. Pseudògens. Anotació genòmica. Genomes de plàstits i mitocondris. Edició de l'RNA. Interacció entre genomes cel·lulars.
Plasticitat del genoma vegetal i elements transponibles. Impacte dels elements transponibles en l'estructura i l'evolució dels genomes vegetals.
RNA codificant i no codificant: tipus i funcions biològiques. RNA polimerases. Funcions de l'RNA a la síntesi i el processament de proteïnes. Mecanismes de silenciament per RNAi: transcripcional i posttranscripcional. Petits RNAs: siRNAs i hpRNAs. miRNAs: acció, rols i aplicacions. lncRNA.
Epigenòmica. Estructura de la cromatina i estat d'activitat. Marques epigenètiques a plantes. Metilació del DNA. Codi d'histones.
Proteòmica.
Metabolòmica.
Marcadors moleculars. Definició. Tipus de marcadors moleculars. Mètodes d'obtenció de marcadors moleculars. Mètodes de genotipat.
Lligament genètic: mapeig de gens i trets quantitatius (QTLs).
Desequilibri de lligament i associació del genoma complet (GWAS).
Pràctica informàtica sobre dades de genotipat i construcció de mapes.
Filogenètica i evolució de les plantes. Evolució molecular de plantes. Conceptes introductoris a la filogenètica. Arbres de gens versus arbresd'espècies: homologia, ortologia, paralogia. Evolució concertada. Hibridació i introgressió. Poliploïdia. Classificació de llinatges o coalescència profunda. Marcadors moleculars utilitzats en filogenètica i filogenòmica de plantes.
Eines bioinformàtiques en estudis filogenòmics. Avaluació d'ortologia i alineació de seqüències múltiples. Distàncies genètiques i models de substitució de nucleòtids. Inferència filogenètica. Anàlisi de parsimònia. Mètodes probabilístics (Màxima versemblança). Mesures de suport estadístic. Arbres d'espècies de base coalescent.
Seqüenciació d'alt rendiment. Introducció a les plataformes de seqüenciació next-generation. Exemples d'aplicacions: seqüenciació del genoma de novo, re-seqüenciació del genoma, seqüenciació de l'exoma, seqüenciació del metiloma.
Tecnologies de seqüenciació next-generation per a transcriptòmica. Disseny dexperiments RNA-seq. Anàlisi de dades de RNA-seq (Illumina): identificació de gens expressats diferencialment. Ús pràctic de la plataforma AIR.
Visita el Centre de Recerca en Agrigenòmica (CRAG).
Seminaris. Exposició oral de treballs de recerca publicats per part dels estudiants.
Grups i idiomes de l'assignatura
La informació proporcionada és provisional fins al 30 de novembre. A partir d'aquesta data, podreu consultar l'idioma de cada grup a través d'aquest enllaç. Per accedir a la informació, caldrà introduir el CODI de l'assignatura
| Tipus de docència | Grup | Idioma | Semestre | Torn |
|---|---|---|---|---|
| (TEm) Teoria (màster) | 1 | Anglès | primer quadrimestre | matí-mixt |
| (PLABm) Pràctiques de laboratori (màster) | 1 | Anglès | primer quadrimestre | matí-mixt |
| (SEMm) Seminaris (màster) | 1 | Anglès | primer quadrimestre | matí-mixt |