
Genómica, Proteómica e Interactómica
Código: 100893Créditos: 6
| Titulación | Tipo | Curso |
|---|---|---|
| Bioquímica | OB | 3 |
Profesor/a de contacto
- Nombre :
- Julia Lorenzo Rivera
- Correo electrónico :
- julia.lorenzo@uab.cat
Equipo docente
- Jaime Martinez Urtaza
- Sebastian Tanco
Idiomas de los grupos
Puede consultar esta información al final del documento.
Prerrequisitos
Aunque no se han establecido prerrequisitos oficiales, se presupone la disposición de conocimientos previos de Bioquímica y Biología Molecular, Genética, Microbiología, Biología celular, Métodos de DNA recombinante y Estadística.
Para algunas actividades es necesario un nivel básico de comprensión lectora del inglés.
Objetivos
La Genómica es la ciencia que estudia la estructura, contenido y evolución de los genomas. Se trata de una ciencia relativamente nueva (se puede decir que nace en 1995 con la secuenciación de los primeros genomas bacterianos) y se ha desarrollado de forma explosiva en los últimos años. El desarrollo de métodos de secuenciación automática de los ácidos nucleicos ha sido la llave. En el año 2001 se presentó el primer borrador de la secuencia del genoma humano, lo cual representa un hito histórico que abre las puertas a los estudios de genómica comparada y de evolución de la especie humana, a las claves biológicas de la naturaleza humana, a los estudios de asociación genotipo-fenotipo para encontrar genes o regiones del DNA relacionadas con enfermedades, etc.
Después de la secuenciación de genomas aparece la denominada etapa "postgenómica". Se trata de realizar el análisis de la expresión de genes y genomas de forma masiva (Transcriptómica y Genómica funcional), de la identificación y análisis estructural-funcional de las proteínas (Proteómica) y de sus interacciones (y con otras biomoléculas) y la formación de complejos (Interactómica). Conjuntamente con la identificación y cuantificación de todos los metabolitos presentes en una muestra de un organismo (Metabolómica) estos conocimientos dan lugar a las bases para tratar de integrar todo el conjunto y llegar a una descripción global de la biología de la célula (Biología de sistemas).
Los principales objetivos formativos de la asignatura son: la comprensión de la diversidad y complejidad de los genomas y proteomas; el estudio del carácter histórico y evolutivo de la información genética así como de la naturaleza, el significado y las consecuencias de la variabilidad intraespecífica e interespecífica; y finalmente la potencialidad de las aplicaciones provenientes de la información genómica, transcriptómica y proteómica. Forma parte también de los objetivos de la asignatura conocer los métodos experimentales y computacionales que se utilizan en las denominadas ciencias "ómicas".
Resultados de aprendizaje
- CM20 (Diseñar experimentos que respondan preguntas relacionadas con la genómica, proteómica, interactómica y otras disciplinas de la biología de sistemas.) Diseñar experimentos que respondan preguntas relacionadas con la genómica, proteómica, interactómica y otras disciplinas de la biología de sistemas.
- CM21 (Defender una presentación oral sobre un tema relacionado con la biología de sistemas.) Defender una presentación oral sobre un tema relacionado con la biología de sistemas.
- KM24 (Ilustrar una representación cuantitativa de un proceso o sistema biológico.) Ilustrar una representación cuantitativa de un proceso o sistema biológico.
- KM25 (Describir los principales métodos de análisis y predicción usados en la biología de sistemas.) Describir los principales métodos de análisis y predicción usados en la biología de sistemas.
- SM21 (Utilizar los recursos informáticos en la búsqueda de información en bases de datos, en el análisis de datos genómicos, transcriptómicos y proteómicos, así como en la creación de modelos de los sistemas biológicos.) Utilizar los recursos informáticos en la búsqueda de información en bases de datos, en el análisis de datos genómicos, transcriptómicos y proteómicos, así como en la creación de modelos de los sistemas biológicos.
- SM22 (Analizar las bases físicas y químicas de la instrumentación y la metodología utilizada en el análisis de genomas, transcriptomas, proteomas, etc.) Analizar las bases físicas y químicas de la instrumentación y la metodología utilizada en el análisis de genomas, transcriptomas, proteomas, etc.
- SM23 (Examinar los procesos moleculares de los seres vivos desde la perspectiva de la biología de sistemas.) Examinar los procesos moleculares de los seres vivos desde la perspectiva de la biología de sistemas.
- SM24 (Interpretar información experimental en el ámbito de la biología de sistemas.) Interpretar información experimental en el ámbito de la biología de sistemas.
Contenidos
GENÓMICA
- Introducción a los genomas
- Secuenciación, ensamblado y anotación de genomas.
- Estudio de las expresión génica: Transcriptómica
- Genómica comparada
- Variación nucleotídica y estructural
PROTEÓMICA E INTERACTÓMICA
- Diversidad del proteoma.
- Técnicas básicas de proteómica.
- Proteómica cuantitativa.
- Proteómica estructural y funcional.
- Interactómica.
Actividades formativas y Metodología
| Título | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
|---|---|---|---|
| Seminarios y problemas | 16 | 0,64 | CM20, CM21, KM24, KM25, SM21, SM22, SM23, SM24 |
| Estudio | 41 | 1,64 | CM20, KM24, KM25, SM21, SM22, SM23, SM24 |
| Lecturas recomendadas y solución de problemas | 40 | 1,6 | CM20, CM21, KM24, KM25, SM21, SM22, SM23, SM24 |
| Clases de teoria | 29 | 1,16 | CM20, KM24, KM25, SM22, SM23 |
| Tutorias individuales | 3 | 0,12 |
La asignatura consta de clases teóricas, seminarios de resolución de casos prácticos y problemas y tutorías. A continuación se describe la organización y la metodología docente que se seguirá en estos tres tipos de actividades formativas.
Clases de teoría:
El contenido del programa de teoría será impartido principalmente por el profesor en forma de clases magistrales con soporte audiovisual. Las presentaciones utilizadas en clase por el profesor estarán previamente disponibles en el Campus Virtual de la asignatura. Es recomendable que los alumnos impriman este material y lo lleven a clase, para utilizarlo como apoyo a la hora de tomar apuntes. Se aconseja que los alumnos consulten de forma regular los libros recomendados en el apartado de Bibliografía de esta guía docente para consolidar y clarificar, si es necesario, los contenidos explicados en clase.
Seminarios y clases de problemas:
La misión de los seminarios y clases de problemas es hacer de puente entre las clases magistrales y el trabajo práctico, promoviendo un aprendizaje activo que permita desarrollar la capacidad de análisis y síntesis, el razonamiento crítico, y la capacidad de resolución de problemas. Los seminarios y clases de problemas son sesiones con un número reducido de alumnos (máximo 30 alumnos). Su misión es profundizar o completar los conocimientos expuestos en las clases magistrales mediante la resolución de problemas y la discusión de casos prácticos. Los alumnos recibirán periódicamente lecturas recomendadas, problemas y casos por resolver, direcciones web para consultar, etc.
Se dedicarán 15 minutos de una clase a responder a las encuestas institucionales de la UAB.
Evaluación
Actividades de evaluación continuada
| Título | Peso | Horas | ECTS | Resultados de aprendizaje |
|---|---|---|---|---|
| Seminarios y problemas | 30 | 12 | 0,48 | CM20, CM21, KM24, KM25, SM21, SM22, SM23, SM24 |
| Examenes | 70 | 9 | 0,36 | CM20, KM24, KM25, SM22, SM23, SM24 |
Evaluación continuada:
La evaluación de la asignatura se llevará a cabo mediante una serie de actividades de evaluación continua, un examen parcial y un examen de recuperación, correspondientes a cada una de las dos partes de la asignatura: Genómica y Proteómica/Interactómica. El peso de cada parte de la asignatura será del 50% sobre la nota final. A continuación se detalla el peso de las diferentes pruebas y actividades correspondientes a cada una de las dos partes de la asignatura:
Genómica 50%: 70% examen + 30% problemas-seminarios.
Proteómica 50%: 70% examen + 30% problemas-seminarios.
Los exámenes parciales consistirán en preguntas tipo test o de respuesta corta o problemas. Estas pruebas serán eliminatorias de materia.
Sólo se hará promedio con aquellas calificaciones que sean >=4,0. El alumnado que haya obtenido una nota inferior a 4,0 (sobre 10) en el examen anterior de alguno o de los dos parciales tendrán que realizar el examen de recuperación del parcial(es) correspondiente(s) (primer parcial, segundo parcial o ambos).
- Para participar en la recuperación, el alumnado debe haber estado previamente evaluado en un conjunto de actividades cuyo peso equivalga a un mínimo de dos terceras partes de la calificación total de la asignatura o módulo. Por tanto, el alumnado obtendrá la calificación de \"No Evaluable\" cuando las actividades de evaluación realizadas tengan una ponderación inferior al 67% en la calificación final.
- Los alumnos que suspendan la evaluación continua de la parte correspondiente a problemas y seminarios tendrán la ocasión de realizar la recuperación el día de la prueba final.
La prueba final también estará abierta a cualquier estudiante que, habiendo superado las pruebas parciales, desee mejorar la nota obtenida en una o ambas pruebas parciales. En este caso, el alumno deberá avisar a los profesores correspondientes de su interés en presentarse en la prueba final de mejora de nota y renunciará a la nota anterior.
Los estudiantes que no puedan asistir a una prueba de evaluación individual por causa justificada (como por enfermedad, defunción de un familiar de primer grado o accidente) y aporten la documentación oficial correspondiente, tendrán derecho a realizar la prueba en cuestión en otra fecha.
La asignatura se considera aprobada si la nota final global es >=5,0.
Al empezar las clases de cada parte de la asignatura, el profesor o profesora correspondiente detallará cómo se evaluarán los problemas-seminarios.
Evaluación única:
Habrá un examen que incluirá preguntas tipo test o de respuesta corta o problemas tanto de la parte de genómica como de la de proteómica. La nota obtenida en esta prueba supondrá el 70% de la nota final de la asignatura, la mitad correspondiente a la parte de genómica y la otra mitad correspondiente a la parte de proteómica.
La entrega de las actividades realizadas durante el curso seguirá el mismo procedimiento y calendario que en la evaluación continua. Según el profesor, pueden ser trabajos individuales o de grupo a entregar de forma impresa, por medio del campus virtual o presentaciones en el aula. La entrega seguirá el mismo procedimiento y calendario que en la evaluación continua. La nota correspondiente a esta parte de prácticas de aula supondrá un 30% final.
Para esta asignatura, se permite el uso de tecnologías de Inteligencia Artificial (IA) exclusivamente en tareas de apoyo, como la búsqueda bibliográfica o de información, la corrección de textos o las traducciones. El estudiante deberá identificar claramente qué partes han sido generadas con esta tecnología, especificar las herramientas utilizadas e incluir una reflexión crítica sobre cómo estas han influido en el proceso y en el resultado final de la actividad. La falta de transparencia en el uso de la IA en esta actividad evaluable se considerará una falta de honestidad académica y podrá conllevar una penalización parcial o total en la calificación de la actividad, o sanciones mayores en casos graves.
La realización de cualquier irregularidad en un acto de evaluación (fraude académico, plagio o uso indebido de la IA, salvo que este uso esté autorizado expresamente a la guía docente), que pueda conducir a una variación significativa de la calificación, supone que este acto se calificará con un 0. En caso de que la guía docente prevea que para superar la asignatura sea requisito imprescindible haber obtenido una nota mínima en este acto de evaluación o que se produzcan varias irregularidades en los actos de evaluación de una misma asignatura, la calificación final de esta asignatura es 0. Al margen de esto, se podrá instruir un proceso disciplinario al estudiante que incurra en alguna de estas irregularidades.
Bibliografía
Libros de texto:
- Gibson, G. & S. V. Muse, 2009 (3rd edition). A Primer of Genome Science. Sinauer, Massachusetts. USA.
- Brown, T. A., 2017 (4th edition). Genomes 4. Garland Science, UK.
- Lesk, A.M. 2017. Introduction to genomics (3rd edition). Oxford University Press, Oxford, UK.
- Twyman R. M., 2014 (2n edition). Principles of Proteomics. Garland Science, New York & London.
- Lovric J., 2011. Introducing Proteomics. Ed. John Wiley & Sons, Oxford, UK.
Enlaces útiles:
- Campus Virtual de la UAB: https://cv2008.uab.cat/
- Entrez Genome Database: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/genome
- Expasy Proteomics Server: http://expasy.org/sprot
Software
Ninguno
Grupos e idiomas de la asignatura
La información proporcionada es provisional hasta el 30 de noviembre. A partir de esta fecha, podrá consultar el idioma de cada grupo a través de este enlace. Para acceder a la información, será necesario introducir el CÓDIGO de la asignatura
| Tipo de docencia | Grupo | Idioma | Semestre | Turno |
|---|---|---|---|---|
| (TE) Teoría | 33 | Catalán/Español | segundo cuatrimestre | manaña-mixto |
| (PAUL) Prácticas de aula | 331 | Catalán/Español | segundo cuatrimestre | manaña-mixto |
| (PAUL) Prácticas de aula | 332 | Catalán/Español | segundo cuatrimestre | manaña-mixto |